忍者世界锦标赛模式主要分为了两个部分，一是锦标赛事件，一是支线事件。锦标赛事件也就是过关斩将，最终获得忍者世界锦标赛的冠军。而支线事件多为伴随锦标赛事件而发生。譬如锦标赛事件要求玩家队伍之中凑够一定数目的成员，就得去完成支线事件。锦标赛赛制非常简单，玩家最多可以选择5名角色参加，一个赛事一共有4支队伍参加，每场赛事是四人大混战，采取积分淘汰制。5名角色分别参加一个回合的赛事，一场赛事共五回合，上场完结后所获得的积分会累计到下一名角色的账户上。获得积分的办法就是击中对手、了解对手和盗取别人跌落到地面的积分球（呈现橙色）。在最终回合完结之后，积分最多的队伍进获得进入下一轮赛事的资格。在锦标赛当中对终极忍术的使用会有限制。

 

　　忍者世界锦标赛模式完成Drank之后，在选择游戏模式的忍者世界锦标赛模式之中就会出现机械鸣人模式。这个模式更加接近与《究极忍者风暴：世代》，更加强调《机械鸣人》剧场版的剧情内容，RPG味道也相当浓厚。在机械鸣人模式当中，玩家只能够扮演漩涡鸣人，而不能像锦标赛模式之中随意选择操作的角色。忍者剧场分为了三个故事，每个故事与动漫一致，而且内容都是动画播放再加插一场战斗的模式。其战斗模式与单人战斗、团队战斗一致。